我們在正殿前方兩側看到左右高聳著的鐘鼓樓，造型玲瓏剔透。在古代較寬廣的寺廟中，鐘鼓樓都另建成獨立的樓閣 ﹔然而位於市區的寺廟只好將鐘鼓樓建在護室之上。鐘鼓齊鳴響徹雲霄，而晨鐘暮鼓也可做為城市的報時。
龍山寺鐘鼓樓為六角形的樓閣，屋頂為三重簷，最特別的是它使用一種轎子頂式的屋頂，屋脊呈「S」形，翼角昂揚，雄赳十足。戰後，名匠廖石城曾加以修理，將上簷略加提高。鐘樓的楹聯為「大小叩隨鳴禪機頓發，清疏間入妙俗慮旋忘」，鼓樓的楹聯為「念佛本慈悲為何作氣，願人同覺悟聊託宜威」。

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